Czynność zaliczenia zwrotu podatku na zobowiązania podatkowe podatnika nie może zostać dokonana z naruszeniem właściwości organu podatkowego. Organ podatkowy nie może wydać postanowienia w sprawie takiego zaliczenia, które skutkowałoby wygaśnięciem zobowiązania z tytułu podatku, którego ustalanie lub określanie i pobór pozostaje we właściwości innego organu podatkowego. Tak wynika z interpretacji indywidualnej Dyrektora Izby Skarbowej w Łodzi z dnia 4 października 2012 r., nr IPTPB3/4231-4/12-2/MF.
Do organu podatkowego wpłynął wniosek spółki, której problem sprowadzał się do udzielenia odpowiedzi na pytanie, czy w przypadku, gdy nie posiada ona zaległości podatkowych, możliwe jest zaliczenie kwoty zwrotu podatku VAT lub jej części na poczet zobowiązań podatkowych z tytułu podatku od nieruchomości oraz opłat za korzystanie ze środowiska. Jej zdaniem nie ma do tego przeszkód.
Organ podatkowy uznał stanowisko przedstawione przez spółkę za nieprawidłowe. Przypomniał, że nadpłaty wraz z ich oprocentowaniem podlegają zaliczeniu z urzędu na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę, odsetek za zwłokę określonych w decyzji, o której mowa w art. 53a oraz bieżących zobowiązań podatkowych, a w razie ich braku podlegają zwrotowi z urzędu, chyba że podatnik złoży wniosek o zaliczenie nadpłaty w całości lub w części na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych. Wynika to z art. 76 § 1 Ordynacji podatkowej.
Oznacza to, że w sytuacji, gdy taki wniosek zostanie złożony, kwota nadwyżki w podatku VAT powinna zostać odpowiednio zaliczona przez właściwy dla podatnika organ podatkowy.
Organ zwrócił uwagę, że właściwość rzeczową organów podatkowych ustala się według przepisów określających zakres ich działania. Właściwość rzeczowa naczelników urzędów skarbowych obejmuje m.in. podatek VAT, podatek dochodowy od osób prawnych oraz podatek dochodowy od osób fizycznych. Nie obejmuje natomiast podatku od nieruchomości i opłat za korzystanie ze środowiska. Wobec tego organ podatkowy nie może dokonywać zaliczenia zwrotu VAT na te zobowiązania publicznoprawne. Czynność taka naruszałaby bowiem zasadę działania organów władzy publicznej na podstawie i w granicach prawa.
Warto zwrócić uwagę, że odmienne stanowisko w tej sprawie przedstawił NSA w wyroku z dnia 20 stycznia 2012 r., sygn. akt I FSK 577/11 (pisaliśmy o tym w GP nr 30 z 2012 r.). Na orzeczenie to spółka wskazywała także w swoim wniosku o interpretację. Organ podatkowy stwierdził, że wprawdzie stanowi ono cenne źródło w zakresie wskazywania kierunków wykładni norm prawa, nie jest ono jednak źródłem prawa i nie jest wiążące dla organu. Dotyczy bowiem indywidualnej sprawy innego podmiotu.