Obecnie fakturami wewnętrznymi dokumentowane jest m.in. wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów czy import usług, a także nieodpłatne przekazanie przez podatnika towarów należących do jego przedsiębiorstwa na cele osobiste m.in. podatnika lub jego pracowników oraz wszelkie inne darowizny, jeżeli podatnikowi przysługiwało prawo do odliczenia podatku przy nabyciu tych towarów w całości lub w części.
Do faktur wewnętrznych stosuje się przepisy § 5, 9-14, 16, 17, 21 i 22 rozporządzenia Ministra Finansów w sprawie m.in. wystawiania faktur. Tak więc podstawowe elementy, jakie powinna zawierać faktura wewnętrzna, są takie same, jak w przypadku zwykłych faktur VAT. Wynika to z § 24 rozporządzenia.
Zgodnie z projektem zmian do ustawy o VAT, który obecnie jest na etapie prac legislacyjnych w Sejmie, planuje się wyeliminowanie faktur wewnętrznych. Zmiana ta - jak wynika z uzasadnienia do projektu - jest konieczna, ze względu na fakt, iż właściwe regulacje unijne nie przewidują możliwości wystawiania tego rodzaju faktur. Ponadto, jak wyjaśniono, po "likwidacji" faktur wewnętrznych, czynności dotychczas nimi dokumentowane podatnik będzie mógł rozliczać także w oparciu o inne dokumenty.
Początkowo projekt ten miał wejść w życie od 1 lipca 2013 r., jednak w wyniku prac legislacyjnych termin wejścia zmian dotyczących faktur przesunięto na 1 stycznia 2014 r. Przy czym od stycznia 2013 r. zmianie ulegną zasady dokumentowania transakcji opodatkowanych VAT. Od początku przyszłego roku wejść bowiem mają w życie zmiany do rozporządzenia Ministra Finansów w sprawie m.in. wystawiania faktur. Przepisy tego rozporządzenia wskazują, iż w § 24 dalej określone będą zasady wystawiania faktur wewnętrznych. Pozostawiono możliwość wystawiania faktury wewnętrznej w jednym egzemplarzu.
Zatem od 1 stycznia 2013 r. w dalszym ciągu w celu udokumentowania WNT czy importu usług podatnik będzie wystawiał fakturę wewnętrzną.